Sejarah Desa Semuntai bermula pada akhir abad 18 terbentuk sebuah Kerajaan kecil yang berkedudukan di Selang dengan wilayah 7 (tujuh) Manti dari sebelah Selatan sampai Muru (Kuaro) sebelah Utara sampai Adang (Long ikis). Raja Pertama Kerajaan Selang bernama Pangeran Prabu. Dalam kegiatan urusan sosial kemasyarakatan di Selang, dibentuklah sebuah Kampung dengan wilayah Manti Padang Natu di sebelah Utara, Manti olong Sange di sebelah Selatan dan Manti Batu Besi di sebelah Tenggara. Kepala Kampung pertama saat itu bernama Nyowe alias Keres yang berkedudukan di Lanset (sekarang simpang pabrik kelapa sawit atau disebut simpang PKS).
Pada masa penjajahan Belanda di Selang, berdiri sebuah menara alat komunikasi taligaf yang menghubungi Kota Banjarmasin dan Kota Balikpapan. Menara itu disebut “Sempinun” yang dijaga oleh Manti bernama Gusti Jumpul dengan anak bauahnya. Di dekat Sempinun itu mereka menanam jeruk yang dalam bahasa Paser disebut “munte”. Setelah sepeninggalan Gusti Jumpul dan anak buahnya , tanaman munte itu terus berbuah dengan lebat dan manis rasanya. Masyarakat sekitar pun sering mencari buah munte ketempat tersebut. Mencari buah jeruk dalam bahasa Paser disebut dengan “Semunte” karena kata “se” dapat diartikan sedang mencari atau meramu sesuatu. Kata “Semunte” itu pun semakin akrab diucapkan masyarakat sekitar hingga pada akhirnya nama sungai tempat sungai selang bermuara itu pun disepekati oleh para pengawa kerajaan dan adat Manti diberi nama sungai Semunte dan kemudian berlanjut menjadi penyebutan nama Kampung Semunte yang mencangkup wilayah tiga Manti, yakni Manti Padang Natu, Manti Olong Sange dan Manti Manti Batu Besi. Setiap Manti dipimpin oleh seorang Ketua Adat atau Manti dan wakilnya seorang juru bicara Adat.
Pada awal abad ke-19 setelah Pangeran Prabu yang telah lanjut usia tidak bisa memimpin, Kerajaan Selang kemudian dipimpin oleh Pangeran Kerta. Pihak kerajaan mengadakan acara yang disebut Erau Selang selama sembilan bulan untuk mengangkat Pangeran Kerta menjadi pemimpin dengan gelar “Sultan Raja Kuning”.
Pada tahun 1945, Bangsa Indonesia memproklamasikan kemerdekaan, hal ini pun berdampak pada pembubaran Kerajaan Selang saat itu. Raja dan para pejabat Kerajaan tidak diusir dari istana atau yang dikenal oleh orang Paser dengan istilah “Dalam”, hanya saja mereka tidak berkuasa lagi dalam pemerintahan. Pemerintahan Kampung Semunte dikendalikan oleh Kepala Kampung dengan panggilan “Pembakal” yang dibantu oleh Ketua Adat turunan Manti.
Pada tahun 1959, pada masa kepemimpinan Potok alias Sengkoli, Kampung Semunte mengalami pemekaran menjadi dua Kampung, yaitu Kampung Semunte dan Kampung Sandele (sekarang Desa Semuntai dan Desa Sandeley).
Pada tahun 1980 saat kepemimpinan Pembakal Erohasni Gj, sebutan kampung berubah menjadi desa (mengacu pada Undang-undang Nomor : 5 Tahun 1979 tentang desa) selain perubahan sebutan kampung menjadi desa, perubahan juga terjadi pada sebutan kepala kampung/pembakal menjadi Kepala Desa, serta perubahan nama Desa dari Semunte menjadi Semuntai.
Pada tahun 2020 pada masa kepemimpinan Kepala Desa Sardani, S.P (mengacu pada Keputusan Menteri Dalam Negeri nomor 146.1-4717 tahun 2020) menegaskan perbaikan nama desa menjadi Desa Semuntai. Hal tersebut dilakukan karena banyak sekali penggunaan nama Desa Samuntai oleh beberapa instansi maupun masyarakat umum.